اشيايي كه در زير پمپئي دفن شده بودند تقريباً به مدت 2000 سال به خوبي حفظ شدند زيرا كمبود هوا و رطوبت باعث مي شد كه خرابي چنداني نداشته باشد. با اين حال، پمپئي پس از حفاري در معرض تخريب طبيعي و انساني قرار گرفته است.

هوازدگي، فرسايش، قرار گرفتن در معرض نور، آسيب آب، روش هاي ضعيف حفاري و بازسازي، گياهان و جانوران معرفي شده، گردشگري، خرابكاري و سرقت، همگي به نوعي به اين سايت آسيب رسانده اند. فقدان حفاظت آب و هواي كافي براي همه ساختمان‌ها به جز جالب‌ترين و مهم‌ترين ساختمان‌ها باعث شده است كه دكوراسيون داخلي اصلي محو يا از بين برود. دو سوم شهر حفاري شده است، اما بقاياي شهر به سرعت در حال خراب شدن است.[84]

علاوه بر اين، در طول جنگ جهاني دوم، بسياري از ساختمان‌ها در اثر بمب‌هاي پرتاب شده در چندين حمله نيروهاي متفقين به شدت آسيب ديدند يا ويران شدند.[85]

نگراني هاي حفاظتي دائماً باستان شناسان را نگران كرده است. اين شهر باستاني در سال 1996 توسط صندوق جهاني بناهاي تاريخي و بار ديگر در سال 1998 و در سال 2000 در فهرست آثار جهاني قرار گرفت. در سال 1996 اين سازمان ادعا كرد كه پمپئي "به شدت نياز به تعمير دارد" و خواستار تهيه پيش نويس يك طرح كلي شد. اعاده و تفسير.[86] اين سازمان با كمك مالي امريكن اكسپرس و بنياد ساموئل اچ. كرس از حفاظت در پمپئي حمايت كرد.

  اجاره ويلاهاي شمال در ماه طلايي شهريور

Schola Armatorum ("خانه گلادياتورها")[88] در سال 2010 به دليل بارش شديد باران و فقدان زهكشي مناسب فروريخت.[89] اين سازه براي بازديدكنندگان باز نبود، اما بيرون براي گردشگران قابل مشاهده بود. پس از فروپاشي، اختلافات شديدي با اتهامات بي توجهي به وجود آمد.[90][91]

امروزه، بودجه بيشتر به حفاظت از سايت اختصاص داده مي شود. با اين حال، به دليل گستردگي پمپئي و مقياس مشكلات، اين امر براي جلوگيري از پوسيدگي آهسته مواد كافي نيست. يك مطالعه در سال 2012 يك استراتژي بهبود يافته را براي تفسير و ارائه سايت به عنوان روشي مقرون به صرفه براي بهبود حفاظت و نگهداري آن در كوتاه مدت توصيه كرد.[92]

در ژوئن 2013، يونسكو هشدار داد كه اگر كارهاي مرمت و حفاظت «در دو سال آينده پيشرفت قابل توجهي نداشته باشد، پمپئي مي تواند در فهرست ميراث جهاني در خطر قرار گيرد.[93] يك پروژه "Grande Progetto Pompei" حدوداً پنج ساله در سال 2012 با اتحاديه اروپا آغاز شده بود و شامل تثبيت و حفاظت از ساختمان ها در مناطق پرخطر بود. در سال 2014، مقر يونسكو يك طرح مديريتي جديد براي كمك به يكپارچه سازي برنامه هاي مديريت، حفاظت و نگهداري ملك دريافت كرد.[94]

در سال 2020، بسياري از باغ‌ها، باغ‌ها و تاكستان‌هاي دوموس با استفاده از تصاوير نقاشي‌هاي ديواري و يافته‌هاي باستان‌شناسي با دقت بازسازي شدند تا بينش بهتري در مورد اينكه قبل از فاجعه چگونه بوده‌اند، ارائه شود.[95] اينها عبارتند از خانه جوليا فليكس، خانه كوپيدهاي طلايي، [96] خانه لوريوس تيبورتينوس، خانه كورنليوس روفوس [97] و باغ فراريان.

در سال 2021 چندين گنبد كه مدت‌ها بسته بود، پس از بازسازي، از جمله خانه كشتي اروپا، [98] خانه باغ [99] و خانه عاشقان، دوباره بازگشايي شدند. همچنين خانه تازه حفاري شده لدا و قو[101] افتتاح شده است

پمپئي به دليل ثروت و تاريخ يوناني، اتروسكي و رومي خود، براي مطالعه معماري روم باستان از نظر روش‌هاي ساختماني و برنامه‌ريزي شهري بسيار مورد توجه است. با اين حال، اين شهر نسبتاً كوچك استاني بود و به جز آمفي تئاتر، بناهاي تاريخي بزرگي در مقياس شهرهاي رومي ديگر نداشت. همچنين طرح‌هاي ساختماني بزرگ امپراتوري اوليه را ناديده گرفت و بسياري از معماري شهري خود را كه مربوط به قرن چهارم قبل از ميلاد بود، حفظ كرد.[102]

تكامل ساختمان‌هاي خصوصي و عمومي پمپئي به دليل عدم حفاري در زير سطوح ۷۹ اغلب نامشخص است. با اين حال، واضح است كه در زمان فتح سولا در سال ۸۹ قبل از ميلاد، توسعه طرح‌بندي خيابان‌ها تا حد زيادي انجام شد. كامل شد و بيشتر انزواها ساخته شد.[